Khí hậu của quần đảo Helgoland mang đặc trưng của khí hậu ở khu vực xa đất liền. Vào mùa đông, nhiệt độ nơi đây có thể cao hơn ở Hamburg lên tới 10 độ C bởi vì các đợt gió lạnh thổi từ nước Nga bị suy yếu khi tới quần đảo Helgoland. Mùa xuân khí hậu tương đối mát mẻ. Mùa thu trên quần đảo thường kéo dài và ấm hơn trên đất liền. Nhiệt độ thấp nhất được ghi nhận trên quần đảo là -11.2 độ C vào tháng 2 năm 1956 và nhiệt độ cao nhất là 28.7 độ C vào tháng 7 năm 1994. Điểm đặc biệt của quần đảo Helgoland là có rất ít hoặc không có phấn hoa, vì thế đây là nơi du lịch lý tưởng cho những người bị dị ứng với phấn hoa.

Quần đảo là một trong những khu vực sinh sản lớn nhất của loài chim Ó biển phương Bắc, Mòng biển cá trích, Chim Alca và Uria aalge ở châu Âu. Ngoài ra, nơi đây cũng là nơi sinh sống đông đúc của loài hải cẩu biển.